机构，本义指由两个或两个以上构件通过活动联接形成的构件系统。在行政管理领域，机构是指具有一定行政管理职能、党务管理职能或其他管理、服务职能的机关单位等，通常表示机关单位的内设部门。

按机构分类，就是根据文件材料的形成和处置的承办单位进行分类，一般有一个机构就设置一个分类，机构的名称就是分类的类名。排序时，一般领导机构、综合性机构排列在前，业务科室排列在后，相对重要的在前，相对次要的在后。如，办公室（BGS），人事科（RS），法规科（FG），宣传科（XC），后勤科（HQ）等。

问题，本义指需要回答或解决的，引申为需要解决的事情，关键处，重要点等。

按问题分类，就是按照文件材料内容涉及的问题进行分类，有利于加强文件材料的相互关联性，保持文件材料之间的有机联系。

可以参照本单位内部组织机构的职能性质来设置分类，如将党委、共青团、工会等机构形成的划为“党群类”（DQ），行政管理部门形成的划为“行政类”（XZ），业务部门形成的划为“业务类”（YW），人事部门形成的划为“人事类”（RS），财务部门形成的划为“财务类”“CW”，后勤保卫部门形成的划为“后勤类”（HQ）等。

也可以按照文件材料的内容性质来设置分类，如发文类（FW），收文类（SW），会议类（HY），管理类（ZD），合同类（HT），报表类（BB），其它类（QT）等。

问题分类法的“问题”设置主观性较强，实际操作中整理人员容易混淆类目，各类文件材料会存在交叉存放现象，不同整理人、不同年度整理的档案会出现整理结果不一致情况，应慎重采用此类方案。

小编认为，机构（问题）分类法适用于大机关大单位，产生的文件材料数量足够多，便于文件的收集整理和管理利用。市县级机关单位归档后的文件材料，区分年度和保管期限后，数量很难突破三位数，部分单位甚至只有两位数，如果按机构（问题）进行分类实则劳命伤神，让具办人员无从下手。

小编推荐，市县级别的小机关小单位使用“年度——期限”二级分类法即足矣，学习容易，操作容易，管理也容易。再则，现在的档案管理手段已经摆脱了传统的手工翻阅阶段，即使没有专业的档案管理软件，使用电子表格也可以建立电子档案目录，通过搜索功能能够快速查到相关内容，文件之间的有机联系不一定非要严格区分机构或问题。